Пять раз боксёр успешно защищает свой чемпионский пояс. И вот ему представляется величайший в его жизни шанс, побороться за титул NABF. Спортсмен не упускает такой возможности и побеждает своего соперника Эдуардо Рамиреса. В 94-ом Баррера выигрывает в бое против Карлоса Салазары. А в 1995 году он становится обладателем нового чемпионского пояса WBO, это случается после победного поединка проведённого с Даниелем Хименесом. В течение всего года на его титул 4-е раза посягались, но отобрать никто так и не смог.
В ноябре 1996 года Марко встречается с Джуниором Джонсоном, победителю должен был достаться титул WBO. Большинство людей были уверены в победе Баррера. Но Джонсу удалось одолеть соперника. В 1997 году в Лас-Вегасе был проведён матч реванш между этими бойцами, но Марко опять потерпел поражение.
Вскоре Марко Баррера удаётся стабилизироваться и начать побеждать – 21 февраля 1998 года он проводит успешный для себя бой против Анджело Розарио. Далее он одолел ещё двух соперников. И вот 31 октября после победы над Ричи Вентоном, боксёр завоёвывает титул WBO, который два раза успешно защищает. 19 января 2002 года на ринге встречаются Марко Баррера и Эрик Моралес, на кон стояли два чемпионских титула (WBO и WBC).
Согласно решению судей, победа была присуждена Моралесу, но WBO не согласилось с таким решением и впервые в своей истории оставляет пояс WBO у Марко.
В будущем оппонентом Барреры на ринге становится Луис Фрейтас, которого он побеждает нокаутом. И ещё немало побед ждало его. Выделить среди которых стоит матч реванш против всё того же Моралеса. На сей раз предпочтение судей отдаётся Баррере. Для Моралеса это было первым поражением за проведенные им 42 боя.
