Он родился в Калифорнии в семьдесят седьмом году. Среди любителей он был самым юным чемпионом мира. В совсем молодом возрасте он участвовал в Олимпиаде-96. Его профессиональная карьера началась в девяносто седьмом. В его карьере было достаточно серьезных побед. Например, над Луисом Рамоном Кампасом, который в тот момент являлся действующим чемпионом мира по версии IBF в первом среднем весе. Первый бой, где Фернандо Варгас не смог оформить свою победу нокаутом, стал бой против Рональда "Уинки" Райтона. 2000 год запомнился многим победой Варгаса над Феликсом Тринидадом, который до этого не проиграл ни одного боя. Тринидад нокаутировал Варгаса в 12 раунде, судья остановил бой после 3-х нокдаунов
Однако, после этого, начиная с 2002 года, в карьере Фернандо Варгаса началась черная полоса. Целый ряд поражений, хотя назвать Варгаса слабом противником в этих поединках не осмелится никто. В одном бою судьи также остановили бой, но уже не в пользу Варгаса. Запоминающимися были бои Варгаса против Шейна Мозли, где последний оказался сильнее.
