В 1988 году в марте он переходит в профессионалы и завоёвывает титул в лёгком весе по версии USBA со своим личным рекордом 21-0-1 (12 KOs). Такая ранняя успешность в боксе обещала благосостояние и известность. Однако к большому сожалению это же привело к кокаину. Неосмотрительное поведение Тапиа выливается, в конечном счёте, в арест, по которому протокол занял около 125 страниц. Прямо перед поединком за мировой чемпионский титул у Джонни обнаруживается положительная реакция в крови на наркотик. В результате Тапиа дисквалифицируют на три года. За это время жизнь Джонни три раза держалась на одном волоске из-за передозировок. И скорее всего мы так больше и не увидели этого боксёра, если бы не случилось то, что избавило его от наркотической привязанности. Этим случаем стало его знакомство с Терезой Чавез, которая стал позже его женой и менеджером. Для Тапиа это была любовь, как говорят, с первого взгляда. Любовь и поддержка Терезы помогла Джонни преодолеть его привязанность к наркотикам. Тапиа позже заявил, что он чист и больше никогда не вспоминает о вчерашнем дне, так как он уже в прошлом и он никогда не волнуется о дне завтрашнем, так как он может и не настать никогда.
После излечения Джонни вновь посвящает себя боксу. Вынужденный его перерыв закончился в 1994 году. Началом стали пять побед, включая и выигрыш 15 июля 1994 года у Оскара Агуилару титула Североамериканской Федерации Бокса (NABF). Убедительная победа Тапиа стала первой ступенькой на пути завоевания мирового титула. И 12 октября 1994 года в поединке с действующим чемпионом в лёгком весе по версии WBO Генри Мартинесом, Джонни Тапиа в своём родном Альбукерке, на глазах более чем 8000 болельщиков одерживает победу в 11-м раунде техническим нокаутом. На ринге Джонни при этом был настоящим шоуменом, в течение всего боя, издеваясь над своим противником и празднуя очень артистично свои победы. Одна из самых больших побед Тапиа на ринге – это поединок с Дэнни Ромеро, родившемся также в Альбукерке. Победитель объединил бы в итоге титулы IBF и WBO, однако более важным возможно было то, что победителя будут считать самым сильным боксёром в их родном городе. Этот бой состоялся в Лас Вегасе 18 июля 1997 год. И хотя ждали упорной битвы, точность, внимательная защита и взрывная скорость Тапиа стали очень большой нагрузкой для его соперника. Мощь Ромеро в конце концов ему не помогла и великолепные боксёрские навыки Тапии подарили ему такую заслуженную победу по единому судейскому решению. 13 февраля 1998 года Джонни Тапиа вечером 31-ого дня рождения возвращается домой, для защиты своего титула в поединке против Родолфо Бланко 9-го номера рейтинга WBO. Этот поединок стал истинным праздником для Тапиа с торжественным выходом на ринг, праздничным пирогом и единогласной победой в 12-м раунде по очкам. Одержав победу 28 августа 1998 года в Лас Вегасе над Карлосом Эрнандесом, Джонни Тапиа бросает вызов Нане Конаду, чемпиону по версии WBA. Трехкратный чемпион мира из Ганы Конаду победил в 32-х боях из 43-х. Тапиа, зная об этом, добавляет к своему арсеналу огневой мощи, наняв Фредди Роача, известного тренера. Совместная работа дала в скором времени дивиденды. 5 декабря1998 года Тапиа, обычно опрометчивый, воспользовался своими лучшими качествами, разбил и наказал чемпиона. Тапиа зарабатывает свой третий чемпионский титул, контролируя весь ход боя. В очередной раз Джонни убирает, казавшуюся такой непреодолимой, помеху со своего пути.
В июне 1999 года, спустя 24 года после ужасного убийства его матери, полиция объявила личность убийцы. Однако подозреваемый Ричард Эспиноса к суду привлечён не был. Он погиб в 1983 году в дорожном происшествии. Спиноза, знакомый с Вирджинией больше гнода, с самого начала был основным подозреваемым. Тогда дело загадочным образом прекратили, не глядя на интервью шерифа, обнаружившего на следующий после смерти Вирджинии день отвёртку, кровавую тряпку и кровь на ботинках в автомобиле Эспинозы. Говорили о том, что это дело не дошло до суда из-за некомпетентности и коррупции в департаменте шерифа. Только спустя недели кошмарные подробности этого убийства стали известны общественности. Вероятно, эти события и стали причиной первого проигрыша Джонни на профессиональном ринге за срок более чем 11 лет. Тапиа бросил вызов 2-му номеру мировой классификации – Паули Айеле. Это легендарное сражение стало демонстрацией спортивного мастерства со стороны обоих боксёров. Как было написано после этой встречи в Ассошиэйтед Пресс, что любой из зрителей, не являющийся поклонником бокса, должен им неприменно стать, так как боксёрами-легковесами Джонни Тапиа и Паули Айелабыли продемонстрированы их навыки и безграничная храбрость на протяжении более чем 12 страшных раундов. В августе 1999 года Джонни Тапиа проводит в родном городе пресс-конференцию. Он был трёхкратным чемпионом мира, но бокс был лишь второстепенной темой для спортсмена, надевшегося пролить свет на иную сторону своей жизни. На конференции он сказал о том, что хочет выяснить что-либо о своём отце, как он жил и о том как умер, что хочет продолжить свои поиски – чего бы это ему не стоило. Слухи о смерти его отца и о том, что он ещё может и жив долгие годы витали вокруг Джонни.
8 января 2000 года Тапиа отбирает у Джорджа Елисера Хулио чемпионское звание по версии WBO единогласным решением судей после 12-ти раундового поединка. Хулио, пропускающий постоянно удар левой, второй раз за свою карьеру потерял титул и прервал свою серию из 16-ти побед. А Тапиа восстанавливает господство на ринге, получив четвёртый мировой титул.
В январе 2001 года Джонни Тапиа победил Хорхе Элисьера Хулио чемпиона мира по версии WBO в легчайшем весе. В октябре 2000 года проходит 2-й бой между Поли Айялой и Джонни Тапиа. Айяла снова одерживает победу по единогласному решению судей. В апреле 2002 года Джонни Тапиа победил Мануэля Медину, чемпиона мира по версии IBF в полулёгком весе решением большинства судей. В ноябре 2002 года Джонни проиграл Марко Антонио Баррере по очкам. В феврале 2007 года Джонни Тапиа провёл свой последний бой, после которого ушёл из бокса.
27 мая 2012 года Тапиа был найден мертвым в его доме в Альбукерке. Полиция не смогла сразу установить причину смерти боксера, но версия о насильственной смерти была расценена как «маловероятная»
